Møllen er nævnt på Videnskabernes Selskabs kort fra 1791 og kaldes Høyerus Gd. og M. Der var kun adgang til møllen nordfra - og ikke som nu fra begge sider.

I 1791 var der mest hede omkring møllen og kun lidt egekrat. Det bakkede hedelandskab har formentligt været bevokset med spredte ege, tjørn og enebær. Det bakkede land umuliggjorde opdyrkning til landbrug, så arealerne har utvivlsomt været afgræsset af bøndernes køer, får og heste.

Omkring 1800 kom udskiftningen af landbruget, hvor jorden blev lagt til de enkelte gårde og fællesjorde mere eller mindre ophørte. Afgræsningen blev mindre, men ophørte dog ikke. Herved fik træerne ro og kunne vokse sig større. Og da egen tåler kreaturernes nedbidning, kom den til at dominere.

Skoven indgik stadig i gårdenes naturalhusholdning og gav bønderne mange værdifulde produkter fra brændsel til bygnings- og hegnsmaterialer.

Højris Mølle var en stor land- og skovbrugsejendom og et naturligt midtpunkt med sin vandmølle for de lokale bønder, men mistede sin betydning i slutningen af 1900-tallet. For at sikre indtægter blev der i 1930'erne anlagt tre gravbevoksninger. I 1988 blev markerne oven for skoven solgt fra.

I 1993 købte Danmarks Naturfond en stor del af arealerne og i 2006 lykkedes det at købe dambruget neden for møllen og nedlægge det, således at Sønderup Å kunne få sit slyngede forløb igen i ådalen.