Ådalens stejle skråninger og åens snoede forløb er opstået som en smeltevandsdal i den sidste istis for ca. 15.000 år siden. Store mængder smeltevand skabte det dybe dalstrøg.

Men senere har bevægelser i saltstrukturen i undergrunden udløst landhævninger på op til 15 m af dele af jordlagene, således at den oprindelige dalbund i dag ses som terrasser højere oppe langs ådalens sider. Det kan f.eks. ses på overdrevet langs markvejen øst for gården

Ved selve Højris Mølle er landskabet varieret med mose, eng, egeskov og overdrev. I tidligere tider var kun en lille del af området skov, mens det meste var hede og overdrev. På grund af det bakkede landskab blev området aldrig opdyrket, men i stedet brugt til græsning af kreaturer.

Landskabet ved Højris Mølle er et kulturlandskab, hvor naturværdierne gennem århundreder er formet i et samspil mellem menneske og naturgrundlaget. Derfor er mange af landskabsformerne afhængig af en fortsat målrettet pleje for at bevare den varierede natur.

I dag er de gamle tanker om kreaturgræsning derfor genoptaget som en del af naturplejen for at bevare egekrattets karakteristika. Derfor er det muligt i dag stadig at se de krøllede former, som egekrattet udviser.

De dybe hulveje, der kan ses i skoven, skyldes at oplandets bønder i århundrede har kørt med korn ned til vandmøllen, mens den stadig var i drift.