Der er også strandvolde og terrasseskrænter dannet i forbindelse med Filsøs afvanding gennem tiden. Søen blev fra midten af 1800-tallet reduceret fra ca. 3000 ha til ca. 600 ha.

Det er derfor vigtigt at bevare området som et landskabselement, der kan fortælle historien om en interessant del af Vestjylland, dels i sten- og bronzealderen og dels i 18- og 1900-tallet, hvor de store afvandingsprojekter skaffede landbrugsjord til Danmark.

Vrøgum Kær har et stort fald i terræn - længst mod syd er der indlandsklitter skabt af flyvesand, som siden afløses af fattigkærsområder og mosaikker af flere andre naturtyper. Kæret er også påvirket af udsivende grundvand, trykvand, hvilket giver særlige vækstbetingelser for en række plantearter.

Længst mod nord findes områder med ekstremrigkær, der er en sjælden naturtype i det vestjyske og som er betinget af et højtliggende kalkrigt jordlag, hvilket også sikrer, at kæret har en meget rig blomsterflora med flere sjældne arter.