Allindelille Fredskov blev etableret i 1561 og er derfor mere end 450 år gammel. Samme år gav Kong Frederik d. 2. skoven til Københavns Universitet, samt de tilhørende ti gårde og marker, som skulle tjene til "studenternes underhold" – altså til deres fornødenheder.

Universitetet passede godt på skoven, indtil den i 2011 blev sat til salg. Danmarks Naturfredningsforening købte skoven og overdrog den efterfølgende til Danmarks Naturfond.

Danmarks Naturfredningsforening mente nemlig klart, at staten ved Naturstyrelsen burde have købt skoven. Naturstyrelsen, der har en lang tradition som statslig arealforvalter og opkøber af naturområder, købte bl.a. den tilgrænsende Myrdeskov i 1976, som sammen med Allindelille skov udgør et samlet Natura 2000 område.

Men den daværende miljøminister og regering afviste blankt at lade staten erhverve skoven. Og da den mest sandsynlige køber tilsyneladende tegnede til at blive et jagtkonsortium, valgte Danmarks Naturfredningsforening at springe til og købe skoven for at sikre dens enestående naturværdier for fremtiden – og som en jubilæumsgave til naturen i hundredåret for Foreningens stiftelse. Købssummen blev fem millioner kroner.

Foreningens forretningsudvalg besluttede kort efter, den 16. juni 2011, at skænke skoven til Danmarks Naturfond, hvis bestyrelse enstemmigt besluttede sig for at tage mod gaven – det gjorde de.